一般的に、アフィリエイトを個人取引から会社に変えれば、税務調査に入られる確率は上がるものと考えます。
統計的に個人よりも、法人の方が、税金を徴収できる金額が大きいからです。
税務調査では、人が動くため、それに見合う税額を増加させなければ、国としては、お金（人件費）の無駄になってしまします。
そのため効率が良いところから、税務調査に入ることになります。
たとえば、すでに証拠をつかんでいるところなどです。
税務調査に入られるのは、普通は嫌なものかと思います。
しかし、法律を遵守して節税している分には、何も問題はありません。
税務署も何も言えません。
ただし調査に時間はとられます。
また、税理士に立会をお願いした場合は、１日５万円前後（税理士によって異なる。）の費用がかかります。
そこで、何か問題が見つかり、修正申告となった場合には、さらに税理士に修正申告書作成の費用がかかります。
人が動けばお金がかかってしまいます。
ただし、個人でも売上が大きければ、調査に入られる確率は高まります。数千万円所得がでている場合は、尚更です。
税務署では、個人の部門と法人の部門に分かれているため、個人間の比較になります。
個人間で数千万円の所得が出ていれば、周りと比較して目立つからです。
逆に法人で売上規模がそんなにない場合、赤字である場合は、調査に入られにくいと思います。
ずっと赤字の場合は、どこからお金が入っているのか調べられることもあります。
ちなみに現在、税務署はネット取引を強く監視しているようです。
例えば、ヤフオクでも多く取引していると、シルバーやゴールドといったランクがつくためどの人がたくさん売っているのかなどが簡単に把握できるようになりました。
銀行口座を見れるようなので、確定申告していない場合は、期限後申告でも良いので、確定申告するようにしましょう。
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